Los primeros vestigios de la presencia humana datan del Neolítico, en el III milenio a.C.. De la época romana hay también restos como los hallados en La Tejuela, de donde destaca sobremanera una estatua de Hércules, expuesta en el Museo Arqueológico Nacional.
En el siglo VII la ciudadfue fortificada, y en el siglo XI alcanzó su máximo esplendor bajo la autoridad de la familia Banu Said. Varias además de esta fortaleza, la estructura defensiva se completaba con un gran número de atalayas, de las que se conservan unas quince.
Desde su primera ocupación por Alfonso VIII en 1213, las luchas entre granadinos y castellanos se sucedieron por el dominio de esta plaza. La toma definitiva en el año 1340 por Alfonso XI, dejó a éste en puertas del Reino de Granada, y siglo y medio después los Reyes Católicos partieron de aquí para la conquista de la capital nazarí. El castillo de la fortaleza fue reconstruido en el siglo XVI.Por todo ello no es de extrañar que el lugar se convirtiera en un importante baluarte cristiano, tanto que tras la conquista se fundó una Abadía de Patronato Real, con singulares privilegios.
Al mismo tiempo comenzó la construcción, sobre los cimientos de la antigua medina, del principal símbolo político y religioso de la nueva ciudad cristiana, la Abadía.El rápido aumento de la población hizo que las casas desbordaran los límites de la ciudadela y la ciudad se expandiera faldas abajo de la Mota, así como por las laderas del monte de las Cruces y el monte el Llanillo, en un proceso que continuó durante los siglos siguientes hasta el abandono total del monte.
